Chrześcijaństwo mały|Mniejsza Bazylika Czarnego Nazarejczyka w Manili mały|Kościół metodystyczny w Manili Chrześcijaństwo dotarło na Filipiny wraz z przybyciem Ferdynanda Magellana w 1521 roku. W 1565 roku przybył pierwszy misjonarz augustiański. Pod koniec XVI wieku archipelag został uznany przez Hiszpanię i nazwany na cześć króla Filipa II. W 1611 roku dominikanie założyli w Manili – University of Santo Tomas. W 1695 roku swoje pierwsze uczelnie rozpoczęli także jezuici.
Działalność misyjna podczas rządów kolonialnych tego kraju doprowadziła do przekształcenia Filipin w pierwszy katolicki naród w Azji Wschodniej, z około 92,5% ludności należącej do wyznania katolickiego. Obecnie po Brazylii i Meksyku Filipiny mają trzecią co do wielkości populację katolicką na świecie.
Wśród rdzennych katolików istniały napięcia spowodowane brakiem kapłanów filipińskich. Doprowadziło to do buntu duchowieństwa filipińskiego prowadzonego przez Gregorio Aglipaya i powstania w 1902 roku Niezależnego Kościoła Filipińskiego, który dołączył do rodziny Kościołów starokatolickich.