1983-1997 zastępca kierownika tegoż Instytutu, a od 1997 do 2005 dyrektor Instytutu. W 2008 przeszedł na emeryturę. Należał w latach 1980-2005 do Międzynarodowej Komisji Mieszanej ds. Dialogu Teologicznego między Kościołem rzymskokatolickim i Kościołem prawosławnym. Był stałym współpracownikiem Tygodnika Powszechnego i miesięcznika Znak.
W swoich publikacjach i wystąpieniach skłaniał się ku teorii o tzw. "pustym piekle", a co za tym idzie nadziei powszechnego zbawienia.
Poglądy teologiczne Obecnie toczą się dyskusje nad ortodoksyjnością niektórych tez Wacława Hryniewicza, zwłaszcza w zakresie poglądów na istnienie piekła oraz nadziei powszechnego zbawienia. Wielu katolickich teologów odrzuca je uznając, iż wchodzą one w obszar idei tzw. apokatastazy, będącej nie do pogodzenia z duchem nauki chrześcijańskiej. Z drugiej strony, Hryniewicz problem postawił wprost we wstępie do jednej ze swoich książek:
Wątpliwości w niektórych kręgach wzbudziło zakwestionowanie przez lubelskiego teologa wieczności piekła. W jego książkach refleksja ta pozostaje jednak w sferze pytań, przejętych od niektórych ze wschodnich ojców Kościoła, np. św. Izaaka Syryjczyka.