Architekt kościoła nie jest nigdzie udokumentowany, lecz przyjmuje się, że był nim architekt zakonu Vittorio Cassar (syn Girolamo Cassara), projektant wieży.
W czasie swojej wizyty pastoralnej 13 maja 1615 biskup Baldassare Cagliares stwierdził, że kościół jest jeszcze daleki od ukończenia. Polecił też jego rektorowi ks. Giovanniemu Abeli zbudowanie muru, okalającego cmentarz przy kościele oraz ustawienie tam krzyża.
Nowy kościół uroczyście poświęcił 3 maja 1617 biskup Baldassare Cagliares. Po 1798 i opuszczeniu wyspy przez rycerzy, budynek kościoła przejęty został przez rząd i ulegał różnym przeróbkom, co z czasem doprowadziło do zaniku jego pierwotnego kształtu.
20 marca 1942 pojedyncza bomba lotnicza, zrzucona z wrogiego samolotu, niemal kompletnie zniszczyła kościół, nazywany przez Maltańczyków Santwarju tal-Ħuġġieġa. Odbudowany w 1950 w kształcie nadanym przez Wignacourta, 7 lutego 1957 poświęcony został przez arcybiskupa Mikiela Gonziego.