Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. Kościół San Marcuola ominęły jednak te zmiany, a jego parafia została powiększona poprzez włączenie do niej terenów zlikwidowanych parafii Santa Fosca i Santa Maria Maddalena (których kościoły zostały zdegradowane do rangi filialnych) oraz części terenu należącego niegdyś do parafii San Leonardo. Od 1807 roku kościołem zarządza proboszcz z nominacji patriarchy.
Architektura Fasada Fasada została zbudowana z chropowatej, nieotynkowanej cegły przy prawym boku kościoła, zamykającym krótki plac wychodzący na Canal Grande.
Kampanila Kampanila została odbudowana w 1728 roku. Zachowana dolna część jest teraz domem mieszkalnym.