W październiku 1944 wyjechał do Lublina, gdzie był współzałożycielem i dyrektorem administracyjnym Teatru Wojska Polskiego, po zakończeniu wojny teatr ten prowadził scenę w Łodzi. W 1947 powrócił do Warszawy, gdzie został dyrektorem Teatru Nowego, dwa lata później Teatru Narodowego, a następnie od 1950 ponownie Teatru Nowego. W latach 1950–1952 był wykładowcą w Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej, w 1952 został powołany na stanowisko dyrektora Teatru Narodowego i Teatru Nowego (1952/1953) oraz Teatru Nowej Warszawy (1953/1954). W sezonie 1954/1955 Minister Kultury i Sztuki powołał Mariana Mellera na stanowisko pełnomocnika do spraw teatrów powstających w budowanym Pałacu Kultury i Nauki, po oddaniu budynku do użytku w 1955 zorganizował tu siedzibę Teatru Domu Wojska Polskiego (od 1957 Teatr Dramatyczny). Od 1957 był członkiem kierownictwa artystycznego tego teatru, a od 1961 przez rok jego dyrektorem. W sezonie 1963/1964 pełnił funkcję doradcy artystycznego Teatru Nowego. W 1964 w wyniku choroby kręgosłupa przeszedł na rentę, równocześnie pozostał na stanowisku konsultanta artystycznego w Teatrze Narodowym. W sytuacjach kryzysowych był delegowany do teatrów m.st. Warszawy m.in. Rozmaitości i Polskiego.