W sierpniu 1921 r. weszła w życie nowa organizacja Ministerstwa Spraw Wojskowych w wyniku której miejsce Sekcji zajął Wydział Wyznań Niekatolickich. Szef Wydziału w randze generała brygady podlegał bezpośrednio ministrowi spraw wojskowych.
W Wydziale Wyznań Niekatolickich funkcjonowały referaty 5 wyznań: wyznanie ewangelicko-augsburskie wyznanie ewangelicko-reformowane wyznanie ewangelicko-unijne wyznanie prawosławne wyznanie mojżeszowe
1 czerwca 1927 wszedł w życie rozkaz ministra spraw wojskowych marszałka Józefa Piłsudskiego B. Og. Org. 3552 Org. Biuro Wyznań Niekatolickich – organizacja i skład osobowy, na podstawie którego dotychczasowy Wydział Wyznań Niekatolickich przemianowany został na Biuro Wyznań Niekatolickich MSWojskDz. Rozk. MSWojsk. Nr 17 z 1 czerwca 1927, poz. 188.
Biuro składało się z szefa biura, zastępcy szefa, kancelarii, wydziału ogólnego oraz wydziałów wyznań: prawosławnego, mojżeszowego, ewangelicko-augsburskiego, ewangelicko-reformowanego i ewangelicko-unijnego.
Szef biura (etat generała) podlegał bezpośrednio ministrowi spraw wojskowych i posiadał w stosunku do podległego sobie personelu biura prawa dowódcy dywizji.