Drugi kurs rozpoczął się 27 października 1919 roku. Naukę rozpoczęło 41 kursantów. Do dyspozycji szkoły została oddana 4 Eskadra Wywiadowcza, którą ściągnięto z frontu. W trakcie trwania tego kursu Szkoła została przeniesiona do Torunia. Dyslokacja nastąpiła 26 lutego 1920 roku, szkoła została umieszczona w budynkach byłej niemieckiej szkoły lotniczej. Komendantem w dalszym ciągu był por. obs. Wiktor Szandrowski, a jego adiutantem był por. obs. Jarosław Goligowski. Kadra instruktorska również była międzynarodowa: w jej skład wchodzili Francuzi (kpt. Mennier, kpt. Bovidier, kpt. Peron, kpt. Lete i por. Birkel) oraz Polacy (kpt. Władysław Franciszek Bielawski, por. Czesław Filipowicz, por. Jan Żardecki, por. Karol Miłobędzki i urzędnik wojskowy Józef Gabriel Milczewski). Na szkolenie przyjmowano oficerów wszystkich rodzajów broni, którzy nie ukończyli 30. roku życia. W pierwszej kolejności miano rekrutować oficerów już posiadających doświadczenie w charakterze obserwatorów, w drugiej kolejności przyjmowano oficerów lotnictwa z doświadczeniem bojowym z I wojny światowej, a w trzeciej kolejności oficerów artylerii. Na podstawie doświadczeń z frontu polsko-bolszewickiego rozszerzono zajęcia z radiotelegrafii, aerofotografii i bombardowania. Szkolenie zakończono 9 lutego 1920 roku.