Opisuje ją model DDC (duplikacja-degeneracja-komplementacja) zaproponowany przez zespół Force'a w 1999.
Jeśli mamy dwie kopie genu pełniącego co najmniej dwie funkcje, w jednym z nich zajść może mutacja powodująca utratę części funkcji, a pomimo to wszystkie funkcje pierwotnego genu zostaną zachowane, ponieważ wypełnia je drugi gen. W tym drugim genie może dojść do innej mutacji, w wyniku której traci on tę część funkcji, którą spełnia pierwszy gen. W efekcie w genomie obecne będą dwa komplementarne geny o różnej funkcji, oba niezbędne, przez co dobór naturalny utrzyma je razem w genomie. Będą jednak mogły ewoluować oddzielnie i kodować bardziej wyspecjalizowane formy białek o nieco odmiennych funkcjach, co obserwuje się w wielu rodzinach białek.
Śladem po zajściu subfunkcjonalizacji będzie obecność licznych mutacji w obu kopiach niegdyś zduplikowanego genu. Oszacowano, że u poliploidalnych roślin zachowuje się 15% genów, które uległy duplikacji.