miejscowość znalazła się pod okupacją niemiecką.
W czerwcu 1942 Niemcy utworzyli w Klimontowie getto dla ludności żydowskiej. Przebyli w nim Żydzi z Klimontowa, innych miejscowości powiatu sandomierskiego oraz ok. 200 Żydów z Wiednia. Podczas likwidacji getta w październiku-listopadzie 1942 ok. 4 tys. osób wywieziono do obozu zagłady w Treblince, 300 do getta w Sandomierzu, a ok. 100 niezdolnych do transportu zamordowano na miejscu.
W 1943 r. w Klimontowie Niemcy rozstrzelali 24 osoby.
W 1944 r. w trakcie walk prowadzonych przez armię niemiecką i Armię Czerwoną zniszczeniu uległa m.in. kolegiata. Walki zakończyły się zdobyciem Klimontowa przez żołnierzy 13 Armii.
W dniu 16 kwietnia 1945 roku w domu przy ulicy Sandomierskiej zamordowano Abrama Złotnickiego, Rywkę Pęczyn, Chila Ledermana, Szmuela Ledermana, Chila Gotliba, Chaskiela Grosfelda. W wyniku mordu Józef Batorski pseudonim „Orzech” został skazany na karę śmierci, natomiast pozostałych oskarżonych uniewinniono. W latach 60.