W styczniu 1940 roku zbezczeszczono olkuską synagogę oraz nałożono na miejscowych Żydów kontrybucję w złocie.
Olkuscy Żydzi na równi z Polakami padli ofiarą wydarzeń olkuskiej „krwawej środy” 31 lipca 1940 roku. Poniósł wtedy śmierć co najmniej jeden Żyd – obywatel USA nazwiskiem Majer (prawdopodobnie jego prawdziwe nazwisko brzmiało Isaac Miller). W „krwawą środę” niemieccy policjanci znęcali się szczególnie okrutnie nad dajanem olkuskiej gminy żydowskiej, Moszkiem Joelem Hagiermanem. Zdjęcie Hagiermana dręczonego na olkuskim rynku jest obecnie jedną z najbardziej znanych fotografii z czasu Holocaustu.
Według niemieckiego spisu z 23 grudnia 1939 roku w powiecie olkuskim mieszkało 4097 Żydów, z czego 3080 w Olkuszu. Wkrótce liczba ta wzrosła, gdyż w połowie czerwca 1940 roku do Olkusza przesiedlono Żydów z Chorzowa, a według niektórych źródeł także z Piaśnik i innych miejscowości Górnego Śląska. Liczba wysiedleńców mogła sięgnąć 800, a nawet 1500 osób.
W październiku 1940 roku rozpoczęły się wywózki olkuskich Żydów do obozów pracy w Rzeszy. W pierwszym transporcie znalazło się 140 osób. W styczniu 1941 roku wywieziono kolejnych 130 mężczyzn, a w sierpniu tegoż roku – 300 kobiet.