Budowę niewielkiego kościoła, którego plany wykonał Emmanuel De’Baroni Gauci, rozpoczęto 16 sierpnia 1854, ukończono zaś 10 lutego 1855. Fundusze na budowę przekazali ks. Joseph Bonavia, Santu Pace, Emmanuel Gauci oraz hrabia Casteletti. Nowy kościół poświęcił 15 maja 1856 proboszcz parafii Naxxar, której podlegało San Pawl il-Baħar, ks. Giuseppe Camilleri. Kościół powstał na planie kwadratu, miał jeden ołtarz i jedne drzwi wejściowe. Z tyłu dobudowana była niewielka zakrystia.
W latach 1924–27 ks. Santin D'Amico De Piro, rektor kościoła, zdecydował się rozbudować świątynię. Powiększono zakrystię oraz dobudowano pokój dla opiekuna kościoła. Sam budynek świątyni został przedłużony w kierunku fasady, zwiększając dwukrotnie swą pojemność. Zbudowano wówczas galerię organową, a na dzwonnicy zawieszono odpowiedniej wielkości dzwon. Architektem rozbudowy był Edward Borg Cordona.
W 1930 w wejściu do kościoła zainstalowana została krata z kutego żelaza.
Rok 1929 przyniósł przekazanie kościoła pod opiekę franciszkanów konwentualnych.
Na przełomie lat siedemdziesiątych i osiemdziesiątych XX wieku kościół przeszedł prace restauracyjne, odnowiono wtedy jego wnętrze.
W 2014 wycięto przerośnięte drzewo sprzed fasady świątyni.