Zarząd składa się z przedstawicieli państw członkowskich wybieranych przez Radę Gospodarczą i Społeczną ONZ, zazwyczaj na okres trzech lat.
Zarządzanie organizacją thumb|250px|Namiot pomocowy UNICEF w Sudanie|alt=Zdjęcie przedstawiające zużyty namiot pomocowy UNICEF w Sudanie Każde biuro krajowe realizuje misję UNICEF poprzez unikalny program współpracy opracowany z miejscowym rządem. Ten pięcioletni program koncentruje się na praktycznych sposobach realizacji praw dzieci i kobiet na terenie danego kraju. Ogólne zarządzanie i administrowanie organizacją odbywa się w siedzibie głównej w Nowym Jorku, gdzie kształtowana jest globalna polityka organizacji wobec potrzebujących. Prowadzeniem i monitorowaniem wszystkich prac UNICEF zajmuje się Zarząd złożony z 36 członków będących przedstawicielami rządów państw członkowskich. Zarząd ustanawiają zasady, zatwierdza programy i decyduje o planach administracyjnych i finansowych oraz o budżetach organizacji. Prace Zarządu są koordynowane przez Prezydium, w skład którego wchodzi przewodniczący i czterech wiceprzewodniczących, a każdy urzędnik reprezentuje jedną z pięciu grup regionalnych. Prezydium jest wybieranych przez Zarząd każdego roku spośród swoich członków, a prezydencja rotuje wśród grup regionalnych co roku.