Kontynuacje Producent gry, dostrzegając sukces komercyjny, wydał w 1992 roku grę Spear of Destiny. W 2001 roku wydano Return to Castle Wolfenstein – luźno powiązany z Wolfensteinem 3D reboot serii, oparty na silniku id Tech 3. Dwa lata później ukazała się darmowa produkcja przeznaczona jedynie do gry sieciowej – Wolfenstein: Enemy Territory.
Odbiór Popularność gry sprawiła, że, oprócz oficjalnej kontynuacji, czyli Spear of Destiny, w krótkim czasie zaczęły pojawiać się liczne produkcje na niej wzorowane, często wykorzystujące bezpośrednio licencjonowany przez id Software silnik. W pewnym okresie gry tego typu określano potocznie mianem „wolfensteinów”, a do tej grupy początkowo zaliczano również Doomaniedługo później eksplozja popularności Dooma przyćmiła znaczenie Wolfensteina-3D i sprawiła, że rodzący się gatunek FPS przez kilka lat określany był jako gry doomopodobne.
Według magazynu „Computer Gaming World” gra stała się prekursorem wszystkich strzelanek pierwszoosobowych i wyznaczyła kierunek ich rozwoju.