Konsekwentnie 4 czerwca 1938 roku niemieckie władze oświatowe odebrały mu prawo nauczania, zarzucając polityczną agitację. Represje te spowodowały, że Edmund Styp-Rekowski wykonywać mógł pracę o charakterze administracyjnym, wobec czego od zarządu Związku Harcerstwa Polskiego w Niemczech uzyskał posadę komendanta hufca w Złotowie. Później zatrudniony został w podtrzymującej od 1906 roku polską tożsamość narodową w Złotowie Spółdzielni Rolniczo-Handlowej „Rolnik”. Był też w Złotowie jednym ze społecznych opiekunów harcerstwa.
Przed wybuchem II wojny światowej pozbawiony prawa nauczania Edmund Styp-Rekowski pracował jako kierownik administracyjny w Gimnazjum Polskim w Kwidzynie. Na samym początku wojny został aresztowany. Po kilku miesiącach, 18 grudnia 1939 roku został osadzony najpierw w obozie Stutthof, a następnie w kwietniu 1940 wraz z grupą innych więźniów przetransportowany do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen, gdzie spotkał się ze swoim ojcem Janem oraz braćmi Alfonsem i Józefem.