12 sierpnia 2018 roku Bayern rozpoczął oficjalny sezon od meczu z Eintrachtem Frankfurt o Superpuchar Niemiec. Dla trenera Bayernu Niko Kovača był to sentymentalny mecz, ze względu na to, że trenował drużynę rywali w poprzednim sezonie. Bayern wygrał to spotkanie pewnie 5:0 i zdobył pierwsze trofeum w sezonie. Był to 7 w historii i 3 z kolei Superpuchar Niemiec dla Bayernu.
24 sierpnia 2018 roku Bayern rozpoczął zmagania w Bundeslidze od meczu z TSG 1899 Hoffenheim. Bayern wygrał ten mecz 3:1 i rozpoczął sezon ligowy od zwycięstwa. 28 sierpnia 2018 roku odbył się specjalny mecz, mający na celu, pożegnanie legendy Bayernu Bastiana Schweinsteigera. Mecz odbył się pomiędzy Bayernem a Chicago Fire. Schweinsteiger zagrał jedną połowę w barwach jednej drużyny a drugą w barwach drugiej. W barwach Bayernu zdołał zdobyć bramkę a Bayern wygrał spotkanie 4:0. W rozgrywkach ligowych Bayern aż do 5 kolejki zdobywał komplet punktów, aż zremisował 1:1 z FC Augsburgiem. Był to początek słabej passy piłkarzy Bayernu, gdyż zaraz po tym ulegli 0:2 klubowi Hertha BSC oraz 0:3 Borussii Mönchengladbach. Po kilku dość udanych kolejkach Bayern przegrał ponownie, 2:3 z Borussią Dortmund i zaczął tracić dość dużo punktów w tabeli do właśnie tego zespołu.