W dniu 13 marca 2009 roku rektor Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie prof. dr hab. Marian Wesołowski podpisał z Polską Agencją Rozwoju Przedsiębiorczości umowę o dofinansowanie projektu „Wyposażenie Centralnego Laboratorium Agroekologicznego Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie”. Celem projektu było stworzenie i udostępnianie przedsiębiorcom oraz instytucjom naukowo-badawczym profesjonalnej infrastruktury do prowadzenia certyfikowanych prac badawczych i pomiarowych. Centralne Laboratorium Agroekologiczne powstało w oparciu o pracowników oraz infrastrukturę Centralnego Laboratorium Aparaturowego. Laboratorium ulokowane zostało w Lubelskim Parku Naukowo-Technologicznym S.A.
W roku 2018 w związku z dostosowaniem Uczelni do wymogów stawianych przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego reorganizacją objęte zostało również Centralne Laboratorium Agroekologiczne. Decyzją rektora Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie prof. dr hab. Zygmunta Litwińczuka z dniem 1 grudnia 2018 roku na bazie Centralnego Laboratorium Aparaturowego utworzone zostało Centralne Laboratorium Badawcze.