W 1877, zaproszony przez Jana Matejkę, powrócił do Krakowa. 11 września tegoż roku został mianowany profesorem Szkoły Sztuk Pięknych w Krakowie. Funkcję tę pełnił przez 20 lat. Prowadził kurs malarstwa z natury i aktu akademickiego. Jego uczniami byli m.in.: Stanisław Ignacy Fabijański, Zdzisław Jasiński, Leon Kowalski, Artur Markowicz, Sylweriusz Saski, Włodzimierz Tetmajer, Marian Trzebiński, Wojciech Weiss, Wincenty Wodzinowski oraz Stanisław Wyspiański. 21 maja 1897 przeszedł na emeryturę. Był kawalerem i po śmierci został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie, w kwaterze VIII.
Twórczość Loeffler uprawiał malarstwo rodzajowe i historyczne. Mimo wielokrotnego pobytu za granicą sięgał w swych obrazach do tematów z przeszłości Polski. Jego obrazy były bardzo popularne w drugiej połowie XIX wieku, wielokrotnie reprodukowane w czasopismach, kilkakrotnie zaś – jako odbitki litograficzne – były rozdawane członkom krakowskiego Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych i warszawskiego Towarzystwa Zachęty Sztuk Pięknych.