Kaplica została opuszczona w 1644, jak stwierdzono podczas wizyty duszpasterskiej biskupa Caramasy. Kościół parafialny 28 kwietnia 1688 biskup Davide Cocco Palmieri ustanowił parafię w Xagħrze, a kościół św. Antoniego został jej pierwszym kościołem parafialnym, z ks. Bernardem Formozą jako proboszczem. Stan ten przetrwał do 1692, kiedy to 12 maja zakończona została budowa nowego kościoła parafialnego. Zaraza 1814 Początek XIX wieku był najbardziej bolesnym okresem dla kaplicy, gdyż stąd w 1814 rozprzestrzeniła się na całą wyspę Gozo epidemia dżumy. Niejaki Anġlu Galea przywiózł z wyspy Malty, na której epidemia dopiero co wygasła, dla swojej córki Rużarji għonnellę, jak się wkrótce okazało – zakażoną. Pierwszymi ofiarami zarazy był wspomniany Anġlu, jego córka, oraz zakrystian Kasimiru Rapa, którzy zostali pochowani pod posadzką kościoła. Ich groby pieczętuje żelazny pręt, widoczny blisko ołtarza. W sumie zaraza pochłonęła 104 ofiary. Kiedy zaraza wygasła, niektóre przedmioty z kościoła, m.in. obraz tytularny, zostały spalone w celu odkażenia wnętrza. Adamaszek, którym pokryte były ściany kościółka, został zdjęty i zanurzony na 40 dni w wodzie w Ramla Bay. Jak nietrudno przewidzieć, po tak długim okresie przebywania w słonej morskiej wodzie, nie nadawał się on już do użycia. Nowy obraz tytularny, przedstawiający św.