W momencie wybuchu wojny okręt nadal wchodził w skład 1. dywizjonu bojowego, a jego dowódcą był ppor. mar. rez. Ludwik Fidosz. Po informacji o ataku Niemiec na Polskę okręt zajął stanowisko ogniowe nieopodal Mostów Wolańskich, gdyż tylko tam na odcinku długości 4 kilometrów była odpowiednia głębokość wody. Wobec zagrożenia bombardowaniem Mostów Wolańskich przez Luftwaffe, 3 lub 4 września dowódca Flotylli kmdr Witold Zajączkowski utworzył tzw. Oddział Obrony Przeciwlotniczej Wolańskich Mostów, w skład którego oprócz „Generała Sikorskiego” wszedł ORP „Hetman Chodkiewicz”. W dniach 6-7 września niemieckie samoloty zrzuciły 30 bomb, nie uzyskując trafień, obrona przeciwlotnicza zestrzeliła natomiast dwa samoloty. W kolejnych dniach odpierano dalsze naloty niemieckiego lotnictwa, a relacje uczestników donoszą o zestrzeleniu kilku maszyn wroga.