W latach 1938–1939 zwodowano w Komarnie i oddano do eksploatacji Marynarki jeszcze dwa okręty, były to stawiacze min typu OMm35 o wyporności 60 ton, każdy uzbrojony w 22 miny i dwa karabiny maszynowe.
Wskutek agresji niemieckiej w 1939 roku na Czechosłowację przestała istnieć także jej marynarka (okręt flagowy Niemcy przemianowali na „Bechelaren”, unowocześnili go (między innymi turbinę parową zastąpiono silnikiem spalinowym) i włączyli do swojej floty rzecznej, w której służył do 1945 roku). W 1946, rok po zakończeniu II wojny światowej, ponownie zorganizowano w Bratysławie Czechosłowacką Marynarkę Wojenną (jako 14. batalion inżynieryjny), na wyposażenie której trafiły jednostki rzeczne niemieckiej Kriegsmarine, z których największym była „Sicherungsboot 43”, uzbrojona w 75-milimetrowe działo w wieżyczce od czołgu Panzer IV oraz w cztery 20-milimetrowe działka przeciwlotnicze. W roku 1950 doszło do reorganizacji: 14. batalion wszedł w skład nowo utworzonego 52. pułku pontonowego. Głównym zadaniem Czechosłowackiej Marynarki Wojennej po II wojnie światowej była w praktyce nie tyle obrona państwa przed zewnętrzną agresją, co uniemożliwianie nielegalnego przekraczania granic, w tym głównie ucieczek własnych obywateli do Austrii. Pod koniec lat 50.