Po III rozbiorze Polski w 1795 roku Żybortany, wcześniej wchodzące w skład Księstwa Żmudzkiego Rzeczypospolitej znalazły się na terenie ujezdu upickiego guberni wileńskiej, a po utworzeniu guberni kowieńskiej (1843) – na terenie powiatu poniewieskiego tej guberni Imperium Rosyjskiego. Na przełomie XIX i XX wieku Żybortany należały do gminy i parafii Krakinów. Od 1920 roku należą do Litwy, która w okresie 1940–1990, jako Litewska Socjalistyczna Republika Radziecka, wchodziła w skład ZSRR.
W 1749 roku wzniesiono tu kaplicę katolicką pw. Zbawiciela. W 1937 roku na miejscu tej zniszczonej kaplicy zbudowano nowy, ceglany kościół, który stoi do dziś.
Pierwszą trzyklasową szkołę podstawową uruchomiono tu w 1912 roku. Szkoła systematycznie była rozbudowywana, w 2004 roku przeprowadzono jej generalny remont. Obecnie jest to duża, nowoczesna szkoła.
Żybortany leżą nad rzeką Laudą, prawym dopływem Niewiaży. W 1976 i 1983 roku spiętrzono wody rzeki w pobliżu wsi, budując dwie tamy, o długości odpowiednio 220 m i 219 m. Spiętrzenie to zalało część wsi.
We wsi funkcjonują m.in.: poczta, biblioteka i ambulatorium.