z Izabelą Sołjan, 2005).
Antoni Jackowski stworzył od podstaw nową w Polsce subdyscyplinę nauk geograficznych – geografię religii. Jego prace z tego zakresu są często cytowane w wydawnictwach zagranicznych. Był w gronie konsultantów Encyklopedii religii wydanej przez Wydawnictwo Naukowe PWN (2000–2003), odpowiedzialnym za dział geografii religii. Podsumowaniem dorobku w tej dziedzinie stała się monografia Religie świata. Szlaki pielgrzymkowe (z Izabelą Sołjan i Elżbietą Bilską-Wodecką, 1999), a potem pierwszy w Polsce i jeden z nielicznych na świecie podręcznik akademicki z geografii religii pt. Święta przestrzeń świata. Podstawy geografii religii (2003). Staraniem Antoniego Jackowskiego w 1994 został powołany w IG UJ Zakład Geografii Religii (drugi w Europie). Był inicjatorem oraz wieloletnim redaktorem periodyku naukowego pt. Peregrinus Cracoviensis, który ukazuje się od 1995 r.
W badaniach dotyczących historii geografii Antoni Jackowski w pierwszej kolejności skoncentrował się na tej problematyce w skali całego kraju, m.in. Historia geografii polskiej (red. ze Stanisławem Liszewskim i Andrzejem Richlingiem, 2008). Stopniowo zakres badań poszerzał się.