Kolejne lata przyniosły istotne zmiany w jego funkcjonowaniu. Operatorem Programu została Polsko-Amerykańska Komisja Fulbrighta. O stypendia mogły się już ubiegać osoby z Białorusi, Rosji (wyłącznie mieszkańcy Obwodu królewieckiego), Słowacji i Litwy, a liczba stypendystów zwiększyła się do 30 osób.
W 2004 r. do krajów objętych programem dołączyły Gruzja i Mołdawia, a rok później – Armenia. W 2006 r. program rozszerzono na całą Rosję oraz na dwa nowe kraje – Azerbejdżan i Kazachstan. W 2009 r. przybył jeszcze jeden kraj – Kirgistan. Od roku akademickiego 2019/2020 Program rozszerzono o dwa kolejne kraje: Tadżykistan i Uzbekistan. Obecnie w ramach każdej edycji studiuje w Polsce około 50 osób.
W lutym 2016 roku powołana do życia została Fundacja Liderzy Przemian. Jej zadaniem jest administrowanie dwoma programami Polsko-Amerykańskiej Fundacji Wolności – Programem Stypendialnym im. Lane’a Kirklanda i Programem Study Tours to Poland.
Zasady rekrutacji Konkurs na stypendia im. Lane’a Kirklanda ogłaszany jest zazwyczaj na przełomie listopada i grudnia, zaś termin zgłoszeń upływa w marcu. Wszyscy kandydaci w momencie ubiegania się o stypendium muszą posiadać min.