Od wersji B różniła się rurami wydechowymi silników skierowanymi do góry, mniejszymi osłonami chłodnic oleju pod silnikami, chłodnicami glikolu przeniesionymi pod skrzydła na zewnątrz od jednostek napędowych i kołami podwozia głównego w całości mieszczącymi się w powiększonych wnękach.
Prędkość maksymalna osiągana przez prototypy Bf 110 w czasie prób: V1, V2, nieuzbrojony z silnikiem Junkers Jumo 210 B o mocy startowej 680 KM (500 kW): 455 km/h na 3000 m, V3, nieuzbrojony z silnikiem Daimler-Benz DB 600 A z bezpośrednim wtryskiem paliwa o mocy startowej 975 KM (717 kW): 505 km/h na 4000 m, Bf 110 A-0, uzbrojony z silnikiem Junkers Jumo 210 Ga z bezpośrednim wtryskiem paliwa do cylindrów o mocy startowej 700 KM (515 kW): 435 km/h na 3500 m.
W powszechnej ocenie niemieckich pilotów, Bf 110B był samolotem zwrotniejszym i łatwiejszym w pilotażu od Bf 110C, choć z odczuwalnym niedoborem mocyMarius Emmerling: I./ZG 1 w kampanii wrześniowej 1939, "Militaria XX wieku" nr 3(42)/2011, s.10-11. W wersji C wraz ze wzrostem prędkości opór sterów stopniowo zwiększał się, zmuszając pilota do użycia coraz większej siły przy zmianie kierunku lub wysokości lotu. Tym samym reakcje samolotu następowały z wyraźnym opóźnieniem. Jedyną zaletą Bf 110C były więc mocniejsze silniki i tym samym znacznie lepsze osiągi.