On również po raz pierwszy zaobserwował błonę włóknistą wątroby, rozróżnił przełyk i tchawicę, wskazując na ich różne funkcje, i jako pierwszy zwrócił uwagę na znaczenie układu limfatycznego. Opisał także budowę stawów z obręczy barkowej, więzadeł kręgosłupa, skrzyżowania wzrokowego i hipokampu, oraz szczegółowo zreferował budowę układu komorowego mózgu. Jego ilustracje dotyczące badań mózgu zasługują na uwagę, ponieważ ukazują stopniowe usuwanie kolejnych warstw otaczających mózg.
Był zaangażowany w badania nad budową mostka. Zgodnie z ugruntowaną opinią Galena miał on być złożony z siedmiu kości, co jednak nie zgadzało się z obserwacjami czynionymi podczas sekcji. Estienne opisał mostek jako złożony z trzech fragmentów, ale usiłował pogodzić wyniki swoich badań z tradycyjną wiedzą i unikał oskarżenia Galena o błąd. Jednocześnie udowodnił istnienie kanału na całej długości kręgosłupa, co potwierdził dopiero Jean Baptiste de Sénac (1693–1770), i zwrócił uwagę, że Galen nie opisał wszystkich korzeni nerwowych.