W późniejszych latach liczba miejsc wzrosła do 150http://bazhum.muzhp.pl/media//files/Seminare_Poszukiwania_naukowe/Seminare_Poszukiwania_naukowe-r1999-t15/Seminare_Poszukiwania_naukowe-r1999-t15-s377-388/Seminare_Poszukiwania_naukowe-r1999-t15-s377-388.pdf.

Wybuch II wojny światowej przerwał działalność gimnazjum, od 1940 roku naukę prowadzono w formie tajnych kompletów. Zajęcia prowadzono w zabudowaniach gospodarczych, przy różnych pracach i innych okolicznościach. W budynku gimnazjalnym Niemcy stworzyli szpital dla rannych żołnierzy. W 1944 roku, wycofując się z zajętych terenów, budynek ten spalili. Tuż po odzyskaniu wolności Salezjanie zorganizowali gimnazjum i liceum w budynku należącym do Sióstr Salezjanek. Była to szkoła koedukacyjna.

W dniu 11 sierpnia 1948 r. Kuratorium Warszawskie postanowiło zamknąć szkołę prowadzoną przez Salezjanów. Korzystając z sytuacji Zarząd Miejski, a dokładniej Refe­rat kwaterunkowy, w dniu 28 sierpnia 1948, wydał decyzję o przekazaniu budynku salezjańskiego Szkole Podstawowej nr 2.