Ostatnie lata, II wojna światowa Po przejęciu szkoły przez Unię Urszulanek Polskich, Janinę Steinbok mianowano dyrektorką Gimnazjum (później Liceum) i Seminarium Nauczycielskiego Sióstr Uszulanek w Kościerzynie. Uczyła również języka polskiego i prowadziła Koło Rodzicielskie. W latach 1937–39 była przełożoną Domu Zakonnego Urszulanek w Kościerzynie.
15 września 1939 roku Steinbok wraz z innymi zakonnicami została aresztowana przez niemiecką policję. Siostry uwięziono w Domu Społecznym w Starogardzie Gdańskim. 15 listopada wywieziono je za miasto i nakazano opuścić Rzeszę Niemiecką. Steinbok wyjechała wtedy do Krakowa.
5 marca 1940 roku została przełożoną Sióstr Urszulanek. Będąc w Krakowie, włączyła się w prace Rady Głównej Opiekuńczej. Prowadzony przez nią dom zakonny prowadził kuchnię społeczną, opiekował się więźniami Auschwitz, oflagów i stalagów oraz wysiedleńcami i uciekinierami z ziem wcielonych do Rzeszy i ZSRR. Janina Steinbok uczestniczyła też w tajnym nauczaniu.
W 1944 roku z powodu złego stanu zdrowia zrezygnowała ze wszystkich funkcji społecznych i zakonnych.