Schaft działała w holenderskim ruchu oporu od wiosny 1942 roku. Kradła dowody tożsamości dla ukrywających się Żydów i członków ruchu oporu. Wiosną 1943 roku pomogła ukryć dwóch żydowskich studentów i ich rodziców. W czerwcu 1943 roku wstąpiła do lewicowej organizacji ruchu oporu Raad van Verzet (RVV), dla której pracowała jako kurier. Wiele jej akcji wiązało się z ryzykiem niewspółmiernym dla znaczenia podjętego działania.
Współpracowała również z Janem Bonekampem (1914–1944), z którym przeprowadzała akcje likwidacyjne dla RVV. Bonekamp został śmiertelnie postrzelony podczas akcji likwidacji komendanta policji W. Raguta 21 czerwca 1944 roku, a Schaft udało się uciec. Nie wróciła już do domu rodzinnego i ukrywała się w Haarlem.
Razem z Truus Oversteegen (1923–2016) jeździła jako kurier dla Wewnętrznych Sił Zbrojnych (hol. Binnenlandse Strijdkrachten) – stowarzyszenia zrzeszającego trzy największe organizacje ruchu oporu w Holandii. Podczas Świąt Bożego Narodzenia w 1944 roku brała udział w akcji zdobywania amunicji z niemieckiej bazy okrętów podwodnych w IJmuiden, a później także w akcji wysadzania niemieckiego pociągu z amunicją w Santpoort. W ruchu oporu znana była jako Hannie Schaft, a później jako „dziewczyna z czerwonymi włosami” (hol.