Na początku czerwca 1938 wrócił do HiszpaniiReal Academia de la Historia, Leopoldo-Eulogio Palacios Rodríguez.
W 1940 wstąpił do korpusu profesorów zwyczajnych w Institutos Nacionales de Enseñanza Media de España i pełnił funkcję profesora filozofii w Vigo, a od 1941 przebywał ponownie w Madrycie. W roku tym, współpracując z Kościołem Katolickim opublikował Formację intelektualisty katolickiego w Escorial. Wkrótce także nawiązał współpracę z niedawno założonym Instytutem „Luis Vives”.
Doktoryzował się z filozofii 12 stycznia 1944 na Uniwersytecie w Madrycie, z myśli św. Tomasza z Akwinu (La doctrina de la Lógica en Juan de Santo Tomás, 180 stron) pod kierunkiem Juana Zaragüety Bengoechei. 25 maja 1944 wstąpił do Uniwersyteckiego Korpusu Profesorskiego, obejmując Katedrę Logiki Uniwersytetu w Madrycie.
Chociaż przed wojną podpisywał się jako Leopoldo Eulogio Palacios, w rozprawie doktorskiej z 1944 i w oficjalnych dokumentach z tego roku jego nazwisko brzmi po raz pierwszy Leopoldo Palacios Rodríguez. W tym samym okresie ujawniły się jego pierwsze objawy choroby płuc, co zmusiło go do kolejnych, długich rekonwalescencji w kilku sanatoriach. W 1945 roku zdobył Narodową Nagrodę Literacką za swoją książkę Roztropność polityczna.