W trakcie robót natrafiono na istotne zabytkowe detale architektoniczne oraz na polichromię w zamurowanych wnękach ściany wschodniej. W wyniku tych odkryć zdecydowano się wstrzymać rozpoczęte prace, a po szczegółowym ich zbadaniu zlecono wykonanie nowego projektu remontu wieży. Zadaniem nowego projektu miała być głównie odpowiednia ekspozycja tego, jak uważano, najbardziej cennego elementu zabudowy Wzgórza Katedralnego – miejsca pracy Mikołaja Kopernika. Prace konserwatorskie w Wieży Kopernika i w jej otoczeniu zakończono w sierpniu 1964. Od tego czasu wnętrze wieży było udostępnione zwiedzającym.
Następnie Wieżę Kopernika wyłączono z ruchu turystycznego i dopiero w lipcu 2023 ponownie udostępniono wraz z nową ekspozycją. We wnętrzu wieży, na 3 poziomach, urządzono wystawę „Prywatny świat Mikołaja Kopernika”. Wystawa obrazuje, jak mogło wyglądać życie astronoma na przełomie epoki średniowiecza i renesansu. Wnętrze umeblowano rekonstrukcjami przedmiotów z czasów Kopernika, w części oryginalnymi eksponatami.