4 września 1939 został zmobilizowany. Podczas kampanii wrześniowej, po agresji ZSRR na Polskę, w nieznanych okolicznościach aresztowany przez Sowietów. Początkowo był jeńcem obozu w Trembowoli. Żołnierze którym udało się zbiec z tego obozu powiadomili rodzinę o losie Wojciecha Mikiewicza. Sam Mikiewicz wysłał kartę pocztową już z Kozielska do siostry – lekarki do Lwowa (niedługo później została wywieziona przez Sowietów do Archangielska, gdzie zmarła). Korespondował z obozu z rodziną. Otrzymał trzy wiadomości wysłane przez żonę z Rzeszowa: z 18 stycznia 1940 (data ze stempla w Moskwie 6.02.1940), z 25 stycznia 1940 (stempel z Moskwy – 8.02.1940) dostarczoną Mikiewiczowi 20.02.1940 i 31 stycznia 1940 (data stempla z Moskwy 16.02.1940) którą otrzymał 24.02.1940. Wszystkie karty pocztowe znaleziono przy ekshumacji. Między 7 a 9 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 015/2 poz 66, nr akt 3124 z 05.04.1940. Został zamordowany między 9 a 11 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943, wpis w dzienniku ekshumacji z dnia 28.05.1943, nr 3435. Figuruje liście AM-256-3435 (błędnie zapisane nazwisko jako Mickiewicz) i Komisji Technicznej PCK: GARF-125-03435.