W 1650 roku zbudowano fasadę, a w 1716 roku wzniesiono wieżę, która jednak w 1817 roku, w obawie przed zawaleniem, została zburzona. W 1885 roku architekt Severino Achúcarro rozpoczął prace przy przebudowie fasady i wznoszeniu nowej neogotyckiej wieży, ukończonej w 1890 roku i istniejącej do dzisiaj. Na wieży znajduje się 11 dzwonów z lat 1890, 1895 i 1916, zawieszonych w 3 poziomach.
11 czerwca 1819 roku papież Pius VII nadał kościołowi godność bazyliki mniejszej.
W 1949 powołano do życia diecezję Bilbao i 1950 roku kościół św. Jakuba w Bilbao ustanowiono jej katedrą.
Architektura i sztuka Obecnie kościół stanowi mieszankę stylu gotyckiego i neogotyckiego.
Główna fasada jest neogotycka. Ma ona ostrołukowe drzwi, po ich obu stronach, na dwóch postumentach i pod baldachimami w tym samym stylu, umieszczono figury świętych Piotra i Pawła. Powyżej znajduje się rozeta. Na portalu widoczne są płaskorzeźby przedstawiające muszle św. Jakuba.
Kościół jest zbudowany na planie krzyża łacińskiego, ma trzy nawy oddzielone od siebie kolumnami, przykryte sklepieniem żebrowym Bazylika ma 16 okien i 3 rozety.