Na prawo od absydy znajduje się duża kaplica w formie miniaturowej bazyliki, a po lewej zakrystia.

Na sklepieniu znajduje się fresk Triumf reguły franciszkańskiej Giovanniego Battista Gaulliego (zwanego Baciccio) z 1707 roku oraz Ewangeliści z 1875 roku.

Ołtarz główny z XVIII wieku znajduje się pod ścianą apsydy, a malowidło w nim jest prawdopodobnie największym obrazem na płótnie w Rzymie, ma ono wymiary 14 na 6,5 metra, jest autorstwa Domenico Marii Muratori i przedstawia męczeństwa apostołów Filipa i Jakuba Mniejszego.

Do konfesji prowadzą dwie klatki schodowe. Freski na ścianach krypty są reprodukcjami obrazów z katakumb. Relikwie Apostołów Jakuba i Filipa są obecnie przechowywane w relikwiarzu z czerwonego i zielonego marmuru pod ołtarzem głównym w głębokiej niszy o sklepieniu kolebkowym na końcu krypty, można również zobaczyć oryginalny ołtarz, w którym były przechowywane wcześniej aż do ich odkrycia w XIX wieku, zdobiony starożytnym reliefem.

Ambona jest dziełem Sebastiano Ciprianiego z 1736 roku.

Posadzka nawy została wykonana z czarnego i białego marmuru pod koniec XIX wieku.

Kaplice boczne Kaplica św. Bonawentury