W roku 1997, po przejściu Maxa Birnstiela na emeryturę, kierownictwo naukowe w IMP objął Kim Nasmyth.
W roku 2006 w sąsiedztwie instytutu IMP swoją działalność podjęły dwa instytuty Austriackiej Akademii Nauk: Instytut Biotechnologii Molekularnej (Institute of Molecular Biotechnology, IMBA) oraz Instytut Biologii Molekularnej im. Gregora Mendla (Gregor Mendel Institute, GMI). Wszystkie te instytucje badawcze nawiązały ścisłą współpracę, prowadząc zespoły usług wspólnych. W tym samym roku Dyrektorem ds. Naukowych IMP został Barry Dickson.
Od 2013 Dyrektorem ds. Naukowych IMP jest Jan-Michael Peters. Pod koniec roku 2016 instytut IMP przeniósł się do nowego budynku, który oficjalnie został otwarty w dniu 1 marca 2017.
Program studiów doktoranckich „VBC PhD Programme” jest międzynarodowym programem studiów doktoranckich, prowadzonym przez cztery instytuty badawcze należące do kampusu Vienna Biocenter (IMP, IMBA, GMI oraz MFPL). Nabór do programu odbywa się w drodze konkursu i podlega formalnej procedurze selekcji. Co roku przeprowadzane są dwie selekcje. Terminy zgłaszania przypadają w dniach 30 kwietnia i 15 listopada.