W Olsztynie Kopernik przebywał w latach 1516–1519 i 1520–1521 pełniąc urząd administratora dóbr kapituły. Dziś w zamku, w którym mieszkał mieści się Muzeum Warmii i Mazur, ze stałą ekspozycją poświęconą astronomowi. Zwiedzający mają też okazję zobaczyć znajdująca się w krużganku tablicę astronomiczną, która służyła Kopernikowi do wyznaczenia momentu równonocy wiosennej.
Kolejnym miastem na szlaku, ściśle związanym z życiem astronoma, jest Lidzbark Warmiński, ale po drodze warto wstąpić do Dobrego Miasta. Choćby po to, aby zobaczyć drugą co do wielkości gotycką świątynię na Warmii czy Basztę Bocianią, będącą zachowanym fragmentem średniowiecznych obwarowań miasta.
We wspomnianym już Lidzbarku Warmińskim Mikołaj Kopernik mieszkał na zamku u swojego wuja, biskupa warmińskiego Łukasza Watzenrodego. Był jego sekretarzem i lekarzem. Podobnie jak w Olsztynie, zamek pełni obecnie funkcje muzealne. Po drodze do kolejnego miasta związanego z Kopernikiem – Fromborka – mijamy Ornetę, Pieniężno i Braniewo, w których astronom bywał.