Kościół trynitarski Cystersi opuścili kościół i klasztor pod koniec XVI wieku. Opuszczony kompleks przejęli w 1593 roku trynitarze, sprowadzeni rok wcześniej z Hiszpanii przez księżnę Zenobię del Carretto, małżonkę Giovanniego Andrei Dorii. Z tej okazji do pierwotnego wezwania kościoła dodano drugie, Trójcy Przenajświętszej. Trynitarze po raz pierwszy pojawili się w Genui w 1201 roku, kiedy zatrzymał się tu ich założyciel, Jan de Matha. Kościół św. Benedykta stał się świątynią rodu Doria. Z uwagi na zły stan techniczny został poddany modernizacji i rozbudowie pod nadzorem architektów Andrei Ceresoli i Gaspare Corte. Prace budowlane rozpoczęto w 1593, a ukończono w 1617 roku, otwierając ponownie kościół dla potrzeb kultu. 5 września 1596 roku Giovanni Andrea Doria otrzymał od papieża Klemensa VIII bullę, na mocy której przy kościele została ustanowiona prywatna parafia rodu Doria, obejmująca jej okoliczne posiadłości, znane jako Fassolo.
W 1928 roku w związku z budową drogi Via Adua klasztor został rozebrany, a na jego miejscu wzniesiono obszerny pałac. 29 lipca 1939 roku arcybiskup Genui erygował przy kościele św. Benedykta parafię.