Podczas I wojny światowej Émile Guerry walczył na froncie zachodnim, m.in. pod Verdun i został trzykrotnie odznaczony. W 1919 roku wznowił naukę w Wyższym Seminarium Duchownym w Grenoble. Specjalizował się w naukach społecznych, w 1921 roku uzyskał doktorat z prawa. W 1922 roku został wysłany do Papieskiego Seminarium Francuskiego w Rzymie, aby ukończyć studia teologiczne z doktoratem na Gregorianum, uzyskanym w 1925 roku. Sakrament święceń przyjął w 1923 roku. Udzielił go, tak jak i późniejszej sakry, biskup Alexandre Caillot.
W 1925 roku został wikariuszem–administratorem parafii św. Wawrzyńca w Grenoble, w której założył szkołę. W 1927 roku został rektorem seminarium w Grenoble, gdzie wykładał teologię fundamentalną, dogmatyczną i moralną. W latach 1932–40 służył jako wikariusz generalny diecezji Grenoble i dyrektor jej dzieł społecznych. Od razu założył diecezjalne oddziały Jeunesse Ouvrière Chrétienne i Jeunesse Agricole Catholique, organizacji społecznych powiązanych z Association Catholique de la Jeunesse Française. Nauczał księży, że „uczestnictwo w nich jest jednym z najważniejszych zadań ich posługi”.