8 czerwca 2001 roku prokurator Międzynarodowego Trybunału Karnego dla Rwandy oskarżył go o zbrodnię przeciwko ludzkości − ludobójstwo. Po miesiącu wystawiony został nakaz aresztowania, którego Włochy nie uznały, twierdząc że nie posiadają przepisów regulujących współpracę z Trybunałem. 7 lutego 2002 roku Seromba sam poddał się Trybunałowi.
Proces 8 czerwca 2001 roku (jeszcze przed oddaniem się Seromby w ręce sprawiedliwości) prokurator Międzynarodowego Trybunału Karnego dla Rwandy Carla Del Ponte oskarżyła kapłana o ludobójstwo bądź pomoc w ludobójstwie, współsprawstwo ludobójstwa oraz eksterminację rozumianą jako zbrodnię przeciwko ludzkości. Seromba nie przyznał się do stawianych mu zarzutów, twierdząc, że podejmował wysiłki mające na celu uniknięcie masakry, ale mimo tego nie był w stanie powstrzymać zburzenia kościoła.
Wiele zeznań świadków było sprzecznych i jako takie zostały uznane przez Trybunał za niewiarygodne. W szczególności, za wiarygodne ponad wszelką wątpliwość nie zostały uznane zeznania jakoby Seromba zwabił szukających schronienia Tutsich do kościoła, nakazał zamknięcie drzwi kościoła kiedy milicje Interhamwe atakowały znajdujących się wewnątrz ludzi oraz że pomysł zburzenia budynku wyszedł od niego samego.