2 lipca aresztowano także pięciu mieszkańców sąsiedniej wsi Pieszczaniki, w tym jedną kobietę. Zostali oni dołączeni do zatrzymanych mieszkańców Popówki. Żandarmi brutalnie znęcali się nad więźniami, bijąc ich, głodząc i szczując psami.
Przez trzy dni Niemcy systematycznie rabowali Popówkę, zabierając inwentarz żywy i cenniejsze przedmioty. Dwa budynki, które były wykonane z lepszych materiałów, zostały rozebrane. Pozostałe spalono.
3 lipca wszyscy aresztanci zostali rozstrzelani. Egzekucja odbyła się na cmentarzu żydowskim w Gródku, nad zbiorowym grobem, do którego wykopania zmuszono grupę mężczyzn z Gródka. Według autorów opracowania Wieś białostocka oskarża… zamordowano wtedy 36 osób, w tym szesnaścioro dzieci. Autorzy monografii Zbrodnie hitlerowskie na wsi polskiej 1939–1945 podają natomiast, że rozstrzelano 37 osób, w tym dziesięciu mężczyzn, jedenaście kobiet i szesnaścioro dzieci.