31 stycznia 1920 został powołany przez Ministerstwo byłej Dzielnicy Pruskiej na stanowisko komisarycznego burmistrza Chojnic. W tym samym dniu Alojzy Sobierajczyk wraz ze starostą Stanisławem Sikorskim witał na Rynku wkraczający do miasta oddział Wojska Polskiego pod dowództwem płk. Stanisława Wrzalińskiego. W pierwszych latach sprawowania urzędu dprowadził do repolonizacji władz i instytucji publicznych w Chojnicach, które były silnie zgermanizowane w czasach zaborów. W 1922 roku został wybrany przez Radę Miasta na urząd Burmistrza Chojnic na dwunastoletnią kadencję. Przyczynił się do prawidłowego funkcjonowania administracji i gospodarki komunalnej, przykładał dużą wagę do ochrony socjalnej najuboższych i bezrobotnych mieszkańców miasta. Za jego przyczyną w 1929 powstał pierwszy w Chojnicach ogród działkowy, w 1931 patronował budowie Stadionu Miejskiego. Wspierał rozwój oświaty i turystyki, stałym mecenatem otaczał kulturę. Należał do inicjatorów powstania Koła Miast Pomorskich w Grudziądzu oraz Banku Komunalnego w Poznaniu.
W styczniu 1934, gdy dobiegła końca jego kadencja na stanowisku Burmistrza Chojnic, przeszedł na emeryturę. Zmarł 28 kwietnia 1934 roku w Chojnicach, gdzie został pochowany na Cmentarzu Parafialnym.