Zajął się przygotowaniami do wojny z Chmielnickim.
Pod panowaniem Jana II Kazimierza Wazy uczestniczył w wojnach z kozaczyzną i Tatarami. We wrześniu 1648 podczas powstania Chmielnickiego dowodził obroną Lwowa, brał udział w odsieczy Zbaraża, walczył w bitwach pod Zborowem i Piławcami. Wykorzystując swoje doświadczenia wyniesione ze służby w Brazylii, wprowadził wiele reform i udoskonaleń w dziedzinie artylerii i budowy fortyfikacji.
Ambicja Arciszewskiego po raz kolejny wzięła jednak górę. Na skutek otwartego konfliktu z kanclerzem wielkim koronnym Jerzym Ossolińskim, podówczas mianowanym generalissimusem, w 1650 złożył dymisję z zajmowanych stanowisk i odsunął się w zacisze rodzinne.
Utalentowany poeta, napisał m.in. Wiersze, ktoremi Ich Mość PP. K. i Eliasz Arciszewscy, z ojczyzny in exilium idąc i w okręt wsiadając, rodzice bardzo żałosne żegnali.
Zmarł w 1656 we wsi Buszkowy k. Gdańska i wedle jego życzenia został pochowany w kościele braci czeskich w Lesznie ale wkrótce po jego śmierci, gdy miasto, w odwecie za pomoc wojskom szwedzkim podczas potopu, zostało podpalone, spłonął również kościół braci czeskich, a wraz z nim trumna z ciałem Arciszewskiego.