Protestantyzm Pierwotnie Marcin Luter akceptował naukę o czyśćcu i prawo Kościoła katolickiego do przyznawania odpustów. Świadczy o tym treść 95 tez przybitych do drzwi kościoła Wszystkich Świętych w Wittenberdze w 1517. Jednak negował on w nich samowolę odpustową, jakiej dopuszczała się część duchownych.
Źródło cytowanej treści tez:
Z czasem jednak Luter zmienił swoje poglądy w tym zakresie, odrzucając wiarę w czyściec. Współczesny protestantyzm odrzuca doktrynę o czyśćcu, kojarząc ją z handlem odpustami. Autorzy nurtu protestanckiego uważają doktrynę o czyśćcu za sprzeczną z nauką Pisma Świętego. Ich zdaniem doktryna ta przeczy bowiem biblijnemu nauczaniu na temat istnienia tylko dwóch miejsc pobytu dusz po śmierci – nieba i piekła.
Według teologów protestanckich nauka o czyśćcu wynika z niezrozumienia natury odkupieńczej ofiary Chrystusa i zaprzecza wystarczalności tej ofiary.