Podczas wojny libańskiej w 1982 roku doszło do masakry Palestyńczyków w obozach Sabra i Szatila. Wydarzenia te, w trakcie których zginęło według różnych źródeł od kilkuset do 4000 osób, kosztowały Szarona tekę ministra obrony i doprowadziły do załamania jego kariery politycznej po tym, jak Izraelczycy wzięli udział w kilkusettysięcznych manifestacjach przeciwko niemu.
Badająca wydarzenia w Sabra i Szatila izraelska Komisja Kahana uznała pośrednią odpowiedzialność Szarona, który pozwolił falangistom na wtargnięcie do obozów (niektórzy, np. publicysta Robert Fisk, oskarżają go o świadome doprowadzenie do masakry). Od tamtej pory Szaron przez wielu ze swych przeciwników nazywany był Rzeźnikiem Libanu. Grupa ocalałych z masakry Palestyńczyków złożyła w 2002 r. pozew przeciwko Szaronowi w belgijskim sądzie, został jednak on oddalony z przyczyn formalnych.
W latach 1983–1984 był ministrem bez teki, a następnie z ramienia prawicowej partii Likud od 1984 roku był ministrem handlu i przemysłu (do 1990). W 1985 roku zawarł porozumienie o wolnym handlu ze Stanami Zjednoczonymi.
W latach 1990–1992 był ministrem budownictwa i przewodniczącym Ministerialnego Komitetu od Imigracji i Absorpcji.