Kaplica Niepokalanego PoczęciaNazywana jest również kaplicą Matki Bożej Ewangelizacji. W kaplicy znajduje się barokowy ołtarz, a w nim wyrzeźbiona w drewnie w XVI wieku figura Matki Bożej z Dzieciątkiem, przysłana do Peru przez cesarza Karola V. W prawej ręce Maryja trzyma Złotą różę, dar papieża Jana Pawła II z 1988 roku. Dawniej figura ta wieńczyła ołtarz główny.
Kaplica Virgen de la PazObecnie w kaplicy tej jest przechowywany Najświętszy Sakrament. Na ścianie znajduje się obraz przedstawiający św. Jana Ewangelistę, patrona katedry, udzielającego Komunii Maryi.
Kaplica św. Jana ChrzcicielaOłtarz w kaplicy został wykonany przez sewilskiego rzeźbiarza Juana Martíneza Montañésa. Polichromowane płaskorzeźby na nim nawiązują do życia patrona kaplicy. Ołtarz wieńczy krucyfiks, który jest jednym z najstarszych w katedrze. Ołtarz ten pierwotnie znajdował się w kościele Niepolanego Poczęcia w Jirón Abancay.
Kaplica Virgen de la CandelariaKaplica św. Turybiusza de MogrovejoW kaplicy tej przechowywana jest część relikwii jej patrona – Turybiusza de Mogrovejo. Znajduje się tutaj również grobowiec arcybiskupa Juana Landázuri Rickettsa.
Kaplica św. Jana EwangelistyDawniej nosiła wezwanie św. Anny.