W 1775 roku zakupił kamienicę przy ulicy Długiej 12 w Gdańsku, znaną obecnie jako Dom Uphagena. Została ona przebudowana zgodnie z obowiązującym nurtem (rokoko) i zyskała nowy wystrój stały, na który składały się m.in. niskie boazerie dekorowane płycinami o różnorodnych motywach (owady, kwiaty, ptaki, architektura starożytna, sceny chińskie).
Kapitał lokował także w bankach angielskich i zarządzanych przez nie funduszach.
Zainteresowania Historia thumb|Dwór Uphagenów „Monplaisir” we Wrzeszczu Górnym Johann Uphagen pisał dzieła historyczne. W 1765 roku wziął udział w konkursie Towarzystwa Przyrodniczego w Gdańsku, którego tematem z prac historii Polski miały być dzieje Lecha. Jego praca nie zyskała uznania i nie została nagrodzona. W 1774 roku wydał drukiem pracę poświęconą historii książąt Pomorza Gdańskiego Ehrenrettung der älteren polnischen Geschichtschreiber gegen die neulich im Drucke erschienene: Gründliche Nachricht von den Herzogen von Pommern Danziger Linie, worinn zugleich die Nachrichten der polnischen Schriftsteller von dieser Materie geprüft werdenKsiążka w Kujawsko-Pomorskiej Bibliotece Cyfrowej. W 1782 roku ukończył dzieło Parerga historica będące kroniką świata od jego początków do 997 roku, nad którym pracował blisko dwadzieścia latKsiążka w Google Książki.