W drugiej kadencji podejmował bardziej zdecydowane działania – m.in. 30 lipca 1906 podpisał ustawę „Pure Food and Drug Act”, regulującą standardy jakości leków i produktów spożywczych.
Pracując w Departamencie Sił Morskich, Roosevelt dążył do rozbudowy floty wojennej. Gdy został prezydentem, jeszcze bardziej się w to zaangażował. Dzięki jego działaniom w 1904 roku USA były na czwartym miejscu pośród największych flot świata, a trzy lata później, uplasowały się na drugim miejscu.
Prezydent, jako zwolennik Boskiego Przeznaczenia, starał się o wyłączność na kanał międzyoceaniczny, jaki miał powstać w Ameryce Środkowej. Ostro krytykował układ z Wielką Brytanią z 1900 roku; początkowo był zwolennikiem kanału w Nikaragui, lecz zmienił zdanie, opowiadając się za kanałem panamskim (teren ówczesnej Kolumbii). W 1903 roku podpisano układ z Kolumbią, opiewający na 10 milionów dolarów rocznie, jednak władze kolumbijskie żądały 25 milionów. Wówczas Stany Zjednoczone wystosowały groźbę wobec kraju Ameryki Południowej, co spotkało się z natychmiastowym odrzuceniem układu przez kolumbijski parlament. Wobec takiej sytuacji pojawiły się głosy, by powrócić do planów budowy kanału w Nikaragui lub podjąć kroki militarne wobec Kolumbii. Zanim Roosevelt zdążył zdecydować, 3 listopada 1903 roku w Panamie wybuchło powstanie niepodległościowe.