Komory boczne, podobnie jak inne części układu komorowego mózgu, rozwijają się z kanału centralnego cewy nerwowej. W szczególności komory boczne wychodzą z części cewy, która jest obecna w rozwijającym się przodomózgowiu. W ciągu pierwszych trzech miesięcy rozwoju prenatalnego kanał centralny rozszerza się do komór bocznych, trzeciej i czwartej, połączonych cieńszymi kanałami. W komorach bocznych powstają wyspecjalizowane obszary – sploty naczyniówkowe, które wytwarzają płyn mózgowo-rdzeniowy. Kanał nerwowy, który nie rozszerza się i pozostaje taki sam na poziomie śródmózgowia powyżej komory czwartej, tworzy wodociąg mózgu. Czwarta komora zwęża się w okolicy wierzchołkowej (w rdzeniu ogonowym), stając się kanałem centralnym rdzenia kręgowego.
Podczas rozwoju nacisk ze strony struktur zewnętrznych powoduje powstawanie szeregu wklęsłych wybrzuszeń w komorach bocznych, których stopień rozwoju może być niezwykle zmienny.
Komory boczne płodu można diagnozować za pomocą pomiarów liniowych lub planarnych.