W tym samym czasie część Yaquí w dalszym ciągu stawia opór Hiszpanom.
Ruch niepodległościowy, który w reszcie kraju rozpoczął się w 1810 r. w Sonorze nie znajduje wielkiego poparcia ze względu na zaangażowanie wielkich właścicieli ziemskich w walkę z atakami Apaczów.
W 1821 Sonora staje się jedną z części niepodległego Meksyku. Kilka lat później Sonora i Sinaloa stają się odrębnymi stanami (wcześniej były jedną jednostką administracyjną). Okres ten charakteryzował się wielką niestabilnością polityczną, ze względu na ciągłe walki o władzę. W 1847 podczas wojny amerykańsko-meksykańskiej Sonora zostaje zajęta przez armię Stanów Zjednoczonych. Po traktacie z Guadalupe Hidalgo i zawarciu pokoju wojska okupacyjne opuściły stan. Po okresie spokoju za rządów Porfirio Diaza kolejny okres walk przynosi wybuch rewolucji meksykańskiej, która kończy się w 1917.
Sonora przez cały czas pozostaje rolniczo-hodowlanym stanem z niewielką populacją i rozległymi terenami pustynnymi. Bliskość Stanów Zjednoczonych ma swoje wady i zalety. Do niekorzystnych zjawisk należy głównie wzrost przestępczości związany z działalnością kartelów narkotykowych. Z drugiej strony po zawarciu Porozumienia o Wolnym Handlu (tzw. NAFTA) przybyło tu wielu inwestorów i wybudowanych zostało wiele zakładów (głównie tzw.