Powstała wówczas inicjatywa zbrojnego powstania, która została przypisana przez policję austriacką Mrozowickiemu, co znalazło odbicie w notatce urzędowej: „…według protokołu czynności znajdującego się w posiadaniu sądu akademik Michał Mrozowicki dnia 20 października 1848 zgłosił wniosek, aby wprost przystąpić do zorganizowania zbrojnego powstania…”.
Po upadku powstania został aresztowany podczas próby przedostania się na Węgry, był więziony, a następnie wcielony do armii austriackiej. Ostatecznie udało mu się przedostać na Węgry wraz z grupą studentów ochotników z Galicji i wziąć udział w stopniu oficera w Powstaniu Węgierskim przeciwko Austrii w szeregach Legionu Polskiego pod dowództwem generała Józefa Wysockiego. Po zakończeniu wojny, Mrozowicki, wówczas już w stopniu kapitana, pod koniec sierpnia 1849 roku wraz z Legionem przekroczył granicę Serbii pod Orsovą, gdzie został internowany przez władze tureckie. Tam Władysław Kościelski, który został wyznaczony przez władze tureckie na pośrednika pomiędzy władzami miejscowymi a polską emigracją, powołał go na swojego sekretarza. Udało się wówczas wyjednać zasiłki dla żołnierzy i stworzyć warunki dla wielu oficerów i żołnierzy osiedlenia się w Turcji oraz na ewakuację pozostałych do Francji, na Maltę i do Ameryki.