Pierwsze wybory rozpisane na marzec 2009 roku nie wyłoniły następcy el-Baradei, natomiast tuż przed wyborami lipcowymi z rywalizacji wycofał się Ambasador Słowenii przy MAEA, Ernest Petrič.

Struktura organizacyjna MAEA jest specjalistyczną agencją ONZ, ale nie działa pod jej ścisłą kontrolą, pomimo że raporty są przedstawiane na Zgromadzeniu Ogólnym oraz Radzie Bezpieczeństwa. Struktura i funkcjonowanie MAEA zawarte są w jej statucie. Agencja składa się z trzech głównych części: Sekretariatu, Rady Naczelnej oraz Konferencji Generalnej.

Konferencja Generalna Konferencja Generalna jest najważniejszym organem ustawodawczym w MAEA. W skład wchodzą wszystkie państwa członkowskie. Konferencja Generalna odbywa się corocznie, zazwyczaj we wrześniu, by rozważyć oraz zaakceptować planowany program oraz budżet agencji.

Rada Gubernatorów Rada Gubernatorów jest jednym z dwóch ustawodawczych organów MAEA. Składa się ona z 35 państw członkowskich, desygnowanych i wybieranych przez Konferencję Generalną. Rada zbiera się pięć razy do roku: w marcu, w czerwcu, dwa razy we wrześniu (przed i po Konferencji Generalną) oraz w grudniu.